SuperFaktura dokáže zaevidovat platbu v případě, že jí to e-shop přikáže.
To znamená, že pokud máte vytvořený kompletní platební systém (např. GoPay) přímo ve vašem e-shopu, tak můžete SuperFaktuře poslat echo, že platba byla uhrazena a „vyžádat“ si od ní fakturu.
Pokud tento systém v e-shopu nemáte, je potřeba platby se SuperFakturou spárovat buď prostřednictvím bankovního výpisu nebo ručně.